早上六点从南京南下高铁，请问哪里有酒店是靠近南京主要景点和南京站的？

首先，南京大屠杀遇难同胞纪念馆建议不去了，意义不大，除非是抱着接受爱国主义教育的心态去的。
第二，从的需求来看，看中山陵明孝陵在城东（地铁2号线沿线），玄武湖夫子庙可以算作城中（地铁1号线沿线），所以会建议尽可能在地铁交叉地带住，那就是新街口，当然，新街口价格相对高些，同时考虑到回去的时候去南京南站比较方便，建议选择地铁1号线沿线居住。比如地铁张府园站附近有如家、汉庭、锦江之星3个快捷酒店。如果不差钱的话，那市区酒店随便住！
第三，两天的行程，建议如下安排：
D1：早晨南京南站坐地铁到张府园站，步行到酒店办理入住。随后到评事街的李记吃锅贴，很有名，舌尖2里提到的，问酒店工作人员，应该知道。吃完地铁到新街口换2号线，到苜蓿园大街下，步行5、7分钟到观光小火车站，坐观光小火车到中山陵，50分钟左右能逛完，然后去明孝陵；看完明孝陵旅游巴士到中山门下，游南京博物馆（免费，凭身份证现场换票），一圈下来估计12点左右了，建议南京博物馆门口坐公交到总统府，在旁边的1912区域先填饱肚子（各种小资、高大上、屌丝都有选择），吃饭逛总统府，完了以后去鸡鸣寺，然后鸡鸣寺后面进玄武湖，应该已经至少是傍晚了。玄武湖从正门出来，坐地铁到三山街站，逛夫子庙、吃晚饭。
D2：第二天可以去莫愁湖看荷花，或者去石头城遗址公园，甘熙故居也值得一去，中午在湖南路狮子桥美食一条街就餐吃完到南京大学鼓楼校逛逛，然后就地铁去南京南站